در شرایطی که سازمان امور مالیاتی، دارندگان کارتخوان را تا پایان بهمن ماه ملزم به ثبت دستگاه‌های خود در سامانه امور مالیاتی و اتصال به پرونده مالیاتی کرده است اما مشاغل در پی این موضوع نسبت به اخذ مالیات از تراکنش‌های کارتخوانی نگران شدند و کارتخوان‌های خود را غیرفعال کرده‌اند که طبق اعلام رئیس سازمان امور مالیاتی مبنای اخذ مالیات، تراکنش‌های کارتخوان نیست و ساماندهی کارتخوان‌های بانکی در راستای شفاف سازی، نظم بخشی به اقتصاد و مبارزه با فرار مالیاتی است.در راستای اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، بانک مرکزی باید با همکاری سازمان مالیاتی نسبت به ساماندهی دستگاه‌های کارتخوان بانکی یا درگاه‌های پرداخت الکترونیکی اقدام کند.در این بین، با اقدامات صورت گرفته از سوی سازمان امور مالیاتی و بانک مرکزی کلیه اشخاص دارای ابزار پرداخت‌های بانکی می‌توانند با ورود به درگاه ملی خدمات الکترونیک مالیاتی به نشانی my.tax.gov.ir فهرست تمامی دستگاه‌های کارتخوان بانکی و یا درگاه‌های پرداخت الکترونیکی خود را مشاهده و نسبت به الصاق آنها به پرونده‌های مالیاتی قبلی و یا تشکیل پرونده مالیاتی جدید اقدام کنند.از آنجا که تمامی دستگاه‌های کارتخوان بانکی و یا درگاه‌های پرداخت الکترونیکی که متناظر با پرونده مالیاتی نباشند، بانک مرکزی نسبت به غیرفعال کردن آن‌ها اقدام می‌کنند، دارندگان کارتخوان تا پایان ماه جاری فرصت دارند که به درگاه ملی خدمات الکترونیک سازمان امور مالیاتی مراجعه و اقدام لازم را انجام دهند.
اما دارندگان دستگاه کارتخوان و مشاغل با این الزام نسبت به اخذ مالیات از تراکنش‌های کارتخوان‌ها ابراز نگرانی کردند و به جای اتصال کارتخوان‌های خود به پرونده مالیاتی نسبت به غیرفعال کردن کارتخوان‌های خود اقدام کرده‌اند.در این زمینه، داوود منظور، رییس سازمان امور مالیاتی به دارندگان کارتخوان‌ها اطمینان خاطر داده است که قرار نیست دستگاه‌های کارتخوان یا تراکنش‌های بانکی مبنای اخذ مالیات قرار گیرند و ساماندهی و تعیین تکلیف دستگاه‌های کارتخوان بانکی (POS ) و درگاه‌های پرداخت الکترونیکی و اتصال آنها به پرونده مالیاتی، در راستای شفاف سازی و نظم بخشی به اقتصاد، مبارزه با فرار مالیاتی و شناسایی مؤدیان جدید در حال انجام است.وی تصریح کرد: با همکاری بانک مرکزی، اطلاعات صاحبان دستگاه های پوز، بر روی درگاه ملی خدمات الکترونیک مالیاتی قرار گرفته و کلیه اشخاص دارای ابزار پرداخت‌های بانکی می‌توانند با ورود به نشانی my.tax.gov.ir  فهرست تمامی دستگاه های کارتخوان بانکی و یا درگاه های پرداخت الکترونیکی خود را مشاهده کرده و نسبت به الصاق آنها به پرونده های مالیاتی قبلی و یا تشکیل پرونده مالیاتی جدید اقدام کنند.از سوی دیگر، پیش از این رییس مرکز تنظیم مقررات سازمان امور مالیاتی نیز اعلام کرد که سازمان مالیاتی با الزام اتصال دستگاه‌های کارتخوان به پرونده مالیاتی قصد اخذ مالیات ندارد بلکه هدف این عمل، انضباط و ساماندهی مبادلات مالی فعالان اقتصادی و مشاغل است.